1. 貨棧貨櫃集散站保稅倉庫物流中心及海關指定業者實施自主管理辦法。
2.免稅商店設置管理辦法。
3.保稅倉庫設立及管理辦法。
4.離島免稅購物商店設置管理辦法。
5.海關管理保稅運貨工具辦法。
6.物流中心貨物通關辦法。
7.戰略性高科技貨品輸出入管理辦法。
8.進口貨物進儲保稅倉庫通關作業規定 。
9.自主管理保稅倉庫審查作業規定。
10.自主管理保稅倉庫稽核作業規定。
11.物流中心貨物通關作業規定。
12.物流中心稽核作業規定。
13.保稅貨物進出保稅倉庫押運加封作業要點。
14.保稅倉庫及物流中心存儲未經公告准許輸入之大陸地區物品監管要點。
15.實施關稅配額之農漁畜產品進儲保稅倉庫應注意事項。
16.保稅倉庫業者實施自主管理作業手冊。
17.物流中心業者實施自主管理作業手冊（包括不適宜存儲物流中心之貨物項目、進口洋菸酒進儲物流中心應注意事項、物流中心申請書表）。
18.保稅倉庫進儲燃料售予國際航線運輸工具使用通關作業規定。
19.免稅商店年度盤存作業規定。
20.實務操作（包括貨物帳及單證管控；盤點及結算 ；報廢申辦及監毀；委外檢測；簡單及重整加工等實務作業）。
21.課稅區非保稅貨物進出機場 、港口管制區免稅商店作業規定。
22.海關稽核免稅商店作業規定 。
23.海關會同免稅商店辦理試用品及其容器銷毀作業程序。
24.離島免稅購物商店海關稽核注意事項。
25.離島免稅購物商店申請設置審查作業規定 。

1.訓練期滿成績及格後，可取得「保稅倉庫、免稅商店及物流中心自主管理專責人員」結業證書。
2.結業後可於保稅倉庫、免稅商店及物流中心內，擔任保稅自主管理專責人員。